Lectures on Computational Methods for Systemic and Synthetic Biology given by François Fages, Lifeware team, Inria Saclay - Ile de France research center

Lecture Notes

Fages17mpri.pdf (under construction)

Master Course M2, C2-19: computational methods for systems and synthetic biology

Master Parisien de Recherche en Informatique (MPRI) (serveur pédagogique)

Wiki for the projects.

Slides of François Fages's lectures, 12h (the slides of last year will be updated along the course),

with practical exercises to do in http://lifeware.inria.fr/biocham4/ with our online notebook:

Previous examinations:

Slides of Denis Thieffry's lectures (12h) :

2007 news:

ICSB'10 Tutorial "New Computational Methods for Systems Biology"

Edinburgh, UK, October 10, 2010.

Slides of François Fages's tutorial (4h):

Ecole Jeunes Chercheurs Modélisation formelle de réseaux de régulation biologique

île de Porquerolles, 6-10 juin 2016, 24-28 juin 2013, 6-11 juin 2010.

Dans ce cours nous nous intéressons aux méthodes informatiques qui permettent de raisonner sur un système formel de réactions biochimiques dans ses différentes interprétations dynamiques (hiérarchie de sémantiques, booléenne, discrète, stochastique, continue différentielle), et illustrons les différents concepts par des exemples en biologie cellulaire. Dans la première partie du cours, nous nous focalisons sur les méthodes purement structurelles qui permettent de tirer des informations uniquement de la structure de l’hypergraphe des réactions (lois de conservation, réductions par épimorphismes de sous-graphes, graphe d’influence associé, possibilités de multi-stabilité et d’oscillations,…). Dans la deuxième partie, nous nous focalisons sur les problèmes de biologie quantitative, la formalisation des comportements dynamiques par des contraintes de logique temporelle, et les méthodes associées de recherche de valeurs de paramètres en grande dimension (100) et d’analyses de sensibilité et de robustesse dans ce cadre.

Slides of François Fages's lectures in 2016 (12h):

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